Одбор за жалбе и приговоре је независно тијело Агенције које разматра жалбе и приговоре високошколских установа у складу са законом, Статутом и другим актима Агенције. Одбор има три члана и то: два представника академске заједнице РС/БиХ, од којих је бар један стручњак из области права, и једног представника студената.
Чланове Одбора именује Управни одбор на приједлог директора Агенције, након спроведеног поступка јавне конкуренције за чланове Одбора из реда академске заједнице, односно на приједлог Уније студената за члана Одбора из реда студената. Mандат чланова Одбора је четири година са могућношћу још једног избора, осим студента који се бира на период од једне године са могућношћу још једног избора. Члан Одбора из реда студената је студент другог или трећег циклуса студија,
Одбор разматра приговоре високошколских установа изјављене у току трајања поступка вањског вредновања, те доноси мишљење о утемељености приговора, на основу којег Управни одбор доноси коначну одлуку по приговору. Уколико је на рјешење Агенције изјављена жалба, Одбор утврђује да ли је жалба допуштена, благовремена и изјављена од овлашћеног лица и доноси мишњење на основу којег Управни одбор доноси коначну одлуку против које се може покренути управни спор пред надлежним судом.
Чланови Одбора за жалбе и приговоре:
1. Проф.др Валерија Шаула, предсједник
2. Доц.др Сања Голијанин, члан
3. Никола Бојић, члан (студент)
